晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。 为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
演员：托妮·科莱特 艾瑞克·巴纳 菲利普·塞默·霍夫曼 伊恩·莫利·梅尔德伦 贝塔尼·维特莫尔 巴瑞·哈姆弗莱斯 蕾妮·盖耶 朱莉·福塞斯 约翰·弗劳思 克里斯托弗·马西 卡罗琳·莎士比亚-艾伦 琳恩·史密斯 迈克尔·延纳
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演员：花江夏树 鬼头明里 下野纮 松冈祯丞 上田丽奈 冈本信彦 樱井孝宏 小西克幸 河西健吾 早见沙织 花泽香菜 铃村健一 关智一 杉田智和 宫野真守 石田彰 细谷佳正
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