继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：吉莉安·雅各布斯 格伦·鲍威尔 维恩·埃维雷特 科林·伍德尔 弗兰基·A·罗德里格斯 帕芮·马费尔德 史蒂夫·扎恩 昆汀·普莱尔 Carey·O'Donnell Ryan·Rhodes Nate·Varrone Chris·Jump
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演员：凯瑟琳·温妮克 亚历山大·路德韦格 艾历克斯·休·安德森 马可·艾索 乔丹·帕特里克·史密斯 丹尼拉·科兹洛夫斯基 乔治娅·赫斯特 拉加·拉格纳尔 路茜·马丁 布赖恩·奎恩 克里斯蒂·道·迪斯摩尔 安德烈·克劳德 Marko Leht Ruby O'Leary Martin Maloney Kieran O'Reilly
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演员：玛吉.斯班多斯 贝塔·巴斯克斯 阿尔巴·弗洛雷斯 英玛·奎瓦斯 玛利亚·迪亚兹 露丝·迪亚斯 玛尔塔·阿莱多 邱惠祺 赫苏斯·卡斯特洪 路易斯·卡叶赫 阿德里安娜·帕兹 纳瓦·尼姆利 伊西娅尔·卡斯特罗
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